DokuWikiプラグインで、普通に$_SESSION変数を使おうとしても、セットした変数がいつのまにか削除されてしまいます。これは、DokuWikiは早い段階でsession_write_close()を読んでセッション情報を書き込めなくしているためです。さっさと必要な情報を書き込んだらcloseしてしまう方がシステム負荷的に有利だという理由のようです。
ですので、プラグイン独自セッション情報を書き込む前にsession_start()して、書き込んでからすぐにsession_write_close()するようにすれば、ちゃんとセッション情報は保持されます。